收集散失的雷神瞳是提升雷神像等级、获取丰厚奖励的关键环节。除了在地表和高处显而易见的那些，许多雷神瞳的获取方式颇为特殊，需要玩家解开特定的环境谜题或完成前置任务。这些神瞳往往藏在屏障之后、高空之中、地下洞穴或水体之下，获取它们并非简单的跑图与攀爬，而是对玩家解谜能力和任务推进顺序的一次综合考验。
一种常见的特殊获取方式是依赖稻妻地区的特色机制雷种子。许多雷神瞳位于寻常手段无法抵达的高空，或是被雷元素屏障严密保护。玩家需要在附近寻找雷樱枝条召唤雷种子，凭借雷种子的力量进行飞跃或穿透屏障。更有一些屏障需要中级乃至更高级别的雷种子才能进入，而这要求玩家通过供奉雷神像提升神樱眷顾等级，这本身就是一个需要先收集部分雷神瞳的循环挑战。利用雷极进行快速的空中位移，也是触及特定高空神瞳的唯一途径。
深入地下或水下的探索是另一类特殊情景。部分雷神瞳位于复杂的井底或山洞迷宫中，例如绀田村的枯井之下，这要求玩家首先完成世界任务绀田事话来获取进入的钥匙。在海岛区域，如海螺屋附近，雷神瞳的获取可能与复杂的元素机关绑定，例如需要玩家引导多个雷灵归位，或调整雷霆探针至正确方向，以激活雷樱树产生必要的雷种子。而在水月池的池中宅邸，玩家需要先完成降低水位的解谜，打开闸门，并按顺序激活水下的雷元素方碑，才能开启通往隐藏房间的道路，最终借助传送门或特定路线拿到神瞳。
部分雷神瞳的获取与特定的世界任务及任务奖励道具强相关。在鸣神岛区域，世界任务神樱大祓的推进会永久改变地形，例如使影向山的水位下降，暴露出藏有雷神瞳的坑洞。任务中获得的道具留念镜至关重要，用于照射特定的地狐雕像，可以显现出隐藏的通道、坑洞或解开结界，从而找到原本不可见的神瞳。在鹤观等地，则可能需要后续任务给予的奇特的羽毛等道具与场景互动。这意味着，盲目探索往往事倍功半，遵循任务线的指引通常是解锁这些特殊神瞳的先决条件。
面对这些特殊获取方式，合理的探索策略能极大提升效率。一般建议优先推进各区域的主线及关键世界任务，解锁全部传送锚点、七天神像和秘境。这不仅能畅通无阻地前往各个地点，许多任务过程本身就会引导你顺路收获一批神瞳。对于依赖雷种子等级或特定道具的雷神瞳，可以暂时标记位置，待条件满足后再回头收集。在探索时，密切留意环境中不寻常的雷元素现象、可互动的狐狸雕像、活动的雷灵以及任何可以点击调查的光点，它们往往是隐藏谜题的起点。
